Intracellular signal transduction involves complex biochemical reaction networks that are often difficult to understand intuitively. This thesis explores mathematical modeling of these networks using ordinary differential equations, enabling analysis through systems theoretical methods. The first part focuses on modeling the NF-?B signal transduction pathway and analyzing the biological significance of specific mechanisms. The second part addresses methodological challenges in modeling signal transduction networks and introduces a novel approach that aims to resolve these issues. The TKM approach is expanded to incorporate reaction rules, merging rule-based modeling with thermodynamic consistency and formalized model reduction. A key aspect of this method is the concept of interaction factors, which help parameterize the effects of bindings on reaction equilibrium and velocity. This significantly reduces the number of required model parameters while enhancing parameterization flexibility. The influence of symmetric complexes on parameterization is also considered. An implementation of the approach in Mathematica is briefly described, along with an extension that improves algorithm efficiency through rule-level reduction. The approach is exemplified with a model of phosducin phosphorylation in the eye's light adaptation process.
Johannes Witt Livres


![Modelling and analysis of the NF-_63KB [NF kappa B] signalling pathway and development of a thermodynamically consistent modelling approach for reaction rules](https://rezised-images.knhbt.cz/1920x1920/0.jpg)
Kampf um die Deutsche Börse: Rebellische Aktionäre, die den Vorstandsvorsitzenden und den halben Aufsichtsrat zum Rückzug zwangen, zahlreiche mit schriller Begleitmusik angekündigte und letztlich gescheiterte Fusionsversuche, Insidervorwürfe. Das Buch schildert diese Vorgänge der letzten 25 Jahre im Spiegel der Presseberichterstattung und nach subjektiver Wahrnehmung des Autors. Es beschreibt dabei ein Kaleidoskop von Managern am Finanzplatz Frankfurt - ihr Kommen, ihr Wirken, oftmals auch ihr Scheitern, verbunden mit einem unfreiwilligen Abgang. Es beleuchtet, welche Macht und Einflussnahme die Medien besitzen. Das Buch zeigt aber auch die Möglichkeiten von Arbeitnehmervertretern auf, nicht zuletzt mit Unterstützung der Medien, ihren Überzeugungen zu folgen und sie der breiten Öffentlichkeit zu präsentieren. Der Autor war in dieser Zeit Mitarbeiter und Mitglied im Aufsichtsrat der Deutschen Börse. Er war damit Augen- und Ohrenzeuge dieser den Finanzplatz aufwühlenden Geschehnisse, die bundesweit für Schlagzeilen sorgten und auch Politiker auf den Plan riefen.