Kniha druhá se zabývá obdobím od roku 451 do roku 894, tedy prvními Čechy, jejich původem, nejstaršími sídly, popisem každodenního staroslovanského života a jejich válkami s Durynky, Avary a Franky. K prvním Čechům Palacký přiřazuje pověsti o Krokovi a jeho dcerách, o Přemyslu, o založeníměsta Prahy, o dívčí válce a podobně, jejichž základ hledal ve zfalšovaných rukopisech, v jejichž pravost neochvějně věřil. V tomto oddíle se autor nadále věnuje dynastii Karlovců (v knize psáni jako Karolingové) a válkám Čechů s jejím nejslavnějším představitelem, Karlem Velikým, počátkům křesťanství v Čechách a na Moravě, zejména věrozvěstům Cyrilu a Metodějovi, dále moravským panovníkům Rostislavovi z dynastie Mojmírovců, za jehož vlády se uskutečnila cyrilometodějská misie, Svatoplukovi, nejvýznamnějšímu panovníkovi Velkomoravské říše, a Bořivojovi, prvnímu historicky doloženému českému panovníkovi a prvnímu křesťanskému panovníkovi, a nakonec pádu říše moravské. Kniha druhá je ukončena vyprávěním a úvahami o životě Čechů za doby pohanství.
