大切な友だちと、その故郷をまもるためにのび太が拾った小さなロケットの中から、手のひらサイズの宇宙人・パピが現れた。彼は宇宙のかなたにあるピリカ星の要人で、反乱軍から逃れてきたと言う。のび太とドラえもんは、ひみつ道具「スモールライト」で小さくなってパピと友情を深めていく。ところが、追ってきた反乱軍がパピを捕らえるためにドラえもんたちを攻撃、パピはみんなを巻き込んでしまったと責任を感じ、ひとりで反乱軍に立ち向かおうとするが･･････。大切な友だちと宇宙を守るために、ドラえもんたちはピリカ星へと出発する！
