Alors que les Skylanders sont sur le chemin du retour pour la Skylanders Academy, Flynn le pilote découvre par hasard que Kaos, le prince déchu en personne, est à bord de leur vaisseau ! Victime de l'un de ses sorts, Flynn perd la mémoire et saute de l'appareil en plein vol, laissant les Skylanders seuls aux commandes ! Et ce n'est rien en comparaison du véritable plan machiavélique de Kaos : en prenant l'apparence de Weeruptor, ce dernier compte détruire la Skylanders Academy de l'intérieur...
